Sisinnius est né à Tyr au Liban vers l'année 649, d'un père qui se nommait Jean. Il fut élu sur le siège de Rome en octobre 707 après la mort du pape Jean VII, mais il dû attendre encore trois mois, la ratification de son élection par l'exarque de Ravenne avant d'être consacré le 15 janvier 708. Il était malade de la goutte et ne pouvait se nourrir lui-même, mais il était doué d'un fort caractère et voulait le bien de l'Église. Il recueillit des fonds pour la reconstruction des remparts de Rome qui était continuellement attaquée par les Lombards et les Sarrasins.